弓鰭鱼目（学名：Amiiformes）为辐鰭鱼纲的一目，本目大约在三迭纪就已经出现，史前种类繁多，现存只有一个物种，即弓鳍鱼（Amia calva）。 本目属于新鳍亚纲、全骨下纲，是雀鳝目的姐妹群。 弓鰭鱼目 Amiiformes Hay 1929 †贵州弓鳍鱼属 Guizhouamia Liu,。
黑头鱼目（学名：Alepocephaliformes）是辐鰭鱼纲的一个目，包含了两个科，主要是深海鱼类。 在过去，本目曾被归类为水珍鱼目之下的黑头鱼亚目（Alepocephaloidei），但在实际上，水珍鱼类接近鲑形目，而黑头鱼类却接近鲤形目。于是，依2017年《硬骨鱼系统分类》，将本目。
hei tou yu mu （ xue ming ： A l e p o c e p h a l i f o r m e s ） shi fu 鰭 yu gang de yi ge mu ， bao han le liang ge ke ， zhu yao shi shen hai yu lei 。 zai guo qu ， ben mu zeng bei gui lei wei shui zhen yu mu zhi xia de hei tou yu ya mu （ A l e p o c e p h a l o i d e i ） ， dan zai shi ji shang ， shui zhen yu lei jie jin gui xing mu ， er hei tou yu lei que jie jin li xing mu 。 yu shi ， yi 2 0 1 7 nian 《 ying gu yu xi tong fen lei 》 ， jiang ben mu 。
颌针目，又称颌针鱼目或鹤鱵目，是辐鳍鱼纲中的一个目，其中包括五个淡水和盐水的科。除异鱂科的鱼类外这些鱼全部是中等大小、身躯流线型、生活在水面、吃藻类植物、浮游生物或小动物（包括鱼类）的鱼。颌针鱼目鱼类的大部分为海鱼类，近海及半咸水浅海种类最多，远洋深海及淡水种类次之。一般均生活于水体的上层，这从其。
银汉鱼目为辐鰭鱼纲的其中一目。大多为热带及暖温带淡水鱼类和近海沿岸鱼类，一般体型较小。 其下分成约8科： 银汉鱼科（Atherinidae） 擬银汉鱼科（Atherinopsidae） 皮杜银汉鱼科（Bedotiidae） 牙银汉鱼科（Dentatherinidae） 黑带银汉鱼科（Melanotaeniidae）。
灯笼鱼目（学名：Myctophiformes）又名七星鱼目，是辐鰭鱼纲的其中一目。 本目的鱼通常存在脂鳍，具发光器，尾鳍发达，不与臀鳍愈合。这些鱼均是深海鱼。它们与仙女鱼目有点类似。 本目属于正真骨鱼群、栉鳞派，自成一个亚派——灯笼鱼亚派（Myctophata = 灯笼鱼总目 Scopelomorpha），是棘鳍亚派的姐妹群。。
刺鱼下目（学名：Gasterosteales）又名棘背鱼下目，是鱸形目杜父鱼亚目的一个下目，包含了一群传统上归类於刺鱼目刺鱼亚目的鱼类。 本下目过去是刺鱼目刺鱼亚目的一部份，但已知旧有的刺鱼目、刺鱼亚目是个包含了不同演化支的多系群分类，只有其模式属所在的三个科能组成的单系群，而这个单系群会更接近杜父。
青眼鱼亚目是辐鰭鱼纲仙女鱼目的其中一亚目，其下分成5个科： 深海似蜥鱼科 Bathysauroididae 深海九棍鱼科 Bathysauropsidae 青眼鱼科 Chlorophthalmidae 炉眼鱼科 Ipnopidae 大鳞蜥鱼科 Notosudidae。
栅棘鱼目（学名：Climatiiformes）是棘鱼纲的一个目。 鱼身有2个背鰭、嘴巴没有牙齿。 本科包括以下属： Climatiida亚目 Gyracanthidae ? Climatiidae 双棘鱼亚目 Diplacanthida Culmacanthidae Tetanopsyridae 双棘鱼科。
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胡瓜鱼目（学名：Osmeriformes）是辐鰭鱼纲的一个目。 本目属于正真骨鱼群的巨口鱼亚群，巨口鱼目是本目的姐妹群。 本目下分4科： 后鰭鱼亚目 Retropinnoidei 后鰭鱼科 Retropinnidae 胡瓜鱼亚目 Osmeroidei 胡瓜鱼科 Osmeridae 香鱼科 Plecoglossidae。
骨舌鱼目（学名：Osteoglossiformes）属于辐鰭鱼纲骨舌鱼群或骨舌总目，是几种大型的热带河鱼的统称。其鳔发达，富有血管，但鳔不与颅骨相连，除头部外，全身覆盖着大而坚硬的镶嵌状鳞。除异耳鱼科外，本目鱼均为肉食，基本生活在淡水中，也有的种类生活在淡咸水中。本科中最大的种类为南美的巨骨舌鱼，长可达约2。
鰕虎亚目（学名：Gobioidei）为辐鰭鱼纲鰕虎目（或传统分类法鱸形目）的其中一个亚目。 依2016年Deepfin《硬骨鱼支序分类法》第4版，本亚目包含8科： 嵴塘鳢科 Butidae 塘鳢科 Eleotridae（包含原有的扁头鰕虎科 Xenisthmidae） 鰕虎科 Gobiidae（包含原有的蚓鰕虎科。
仙女鱼目（学名：Aulopiformes）又名仙鱼目、蜥鱼目，是圆鳞派（Cyclosquamata；又作圆鳞亚派或圆鳞总目）的唯一一目，属于脊索动物门辐鰭鱼纲。 圆鳞派是新鳍亚纲真骨下纲之下的一个演化支，是栉鳞派的姐妹群，与其它新真骨鱼亚群的演化关系如下： 本目可分成4个亚目： 合齿鱼亚目（Synodontoidei）。
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虾虎鱼目（学名：Gobiiformes）台湾称为𫚥虎目，是脊索动物门辐鳍鱼纲的一目。 依鱼类分类学研究网站deepfin的分类法，本目属于真棘鳍类鲈形亚类虾虎鱼系。 过去，虾虎鱼类被归类于鲈形目虾虎鱼亚目之中，但传统的鲈形目是个并系群且过于庞大，因此后来的分类学者依分子学的研究成果，将虾虎鱼。
刺鱼目（学名：Gasterosteiformes）或棘背鱼目为辐鰭鱼纲的一个目，但由於其旧分类实为多系群，因而2017年《硬骨鱼的系统发育分类（英语：Phylogenetic classification of bony fishes）》将其各別拆分整合并入鱸形目、海龙鱼目及合鳃目之中，本目也成了鱸形目的异名。。
鼬鱼亚目（又作蛇鳚亚目 ）为辐鰭鱼纲鼬鱼目的其中一亚目，其下分2科： 隱鱼科(Carapidae) 鼬鱼科(Ophidiidae) Richard van der Laan; William N. Eschmeyer & Ronald Fricke. Family-group names of recent。
背棘鱼目（学名：Notacanthiformes）又名棘鰻目，为脊索动物门辐鳍鱼纲其中一目，是鰻鱼的旁系近亲。 本目是一类鳗形深海鱼类，栖息在水深120—4900m的深海，多数栖息于450—2500米水域，为肉食性鱼类。某些种类具有发光器官。 本目属於新鰭亚纲、真骨下纲、海鰱高群、海鰱群（即海鰱总目），是鳗鲡目的姐妹群。。
日鲈目（学名：Centrarchiformes）又名太阳鱼目，为脊索动物门辐鳍鱼纲的一目，包含了太阳鱼科、真鲈科、䱵科等19科，这些科在传统上大多被归类于广义鲈形目的鲈亚目。 2017年以基因分子学为主的Deepfin研究团队所发表的《硬骨鱼类支序法》承认本目。
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鼬鱼目（学名：Ophidiiformes）又作蛇鳚目或鼬鳚目，为辐鰭鱼纲的其中一目，也是鼬鱼系（Ophidiaria）的唯一一目。 本系属于真骨下纲、正真骨鱼群、栉鳞派、棘鳍类、鲈形亚类，是鲈形亚类的基群。本目鱼类大多数为肉食性，生活在热带或亚热带；绝大多数为海水鱼。 其下分2个亚目5个科： 鼬鱼亚目。
在旧分类上，海龙鱼亚目曾被归类为刺鱼目，䲗亚目及须鲷科曾属于广义的鲈形目，飞角鱼亚目则曾被放在鲉形目，然而，随着遗传分子学的研究发展，得知这些旧分类存在并系群与多系群问题，于是刺鱼目与鲉形目均已被整并入狭义的鲈形目，而本目的四个亚目与鲈形目相对疏远，却可另组成单系群的海龙鱼目。 辞海编纂委员会. 《辞海》（1999年版）。
隆头鱼亚目（学名：Labroidei）传统上为辐鰭鱼纲鱸形目的一个亚目，但现在已知这传统分类是个多系群。较后的分类法将隆头鱼科独立成为隆头鱼目，只包含一科。 传统上，隆头鱼亚目下分6科： 慈鯛科（Cichlidae）：又称丽鱼科。 海鯽科（Embiotocidae） 雀鯛科（Pomacentridae）。
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